六的手拿着试管- 5画面显示不同的扭曲版本的试管

说明项目的双胞胎

每个实验室的科学家都有一个恐怖故事。他们不知道他们需要五分钟的步骤,最终花费他们5个月或5年。也许是旋转板的拥挤的细胞培养基分离。或者出版协议曾经说洗你的样本和热三次但意味着相反的,这样打印指令后摧毁了样本。

超过60%的受访者在2016年自然调查称他们曾试图重复其他科学家的实验和无法这样做。美国社会的成员的调查细胞生物学家同样发现超过70%的人无法复制实验结果发表,完整详细的原始协议作为最常见的解释。

不足为奇的蒂姆•埃林顿科学开放研究中心主任夏洛茨维尔弗吉尼亚,成功再现性项目:癌症生物学(总机:CB),于2013年推出了复制著名癌症生物学论文的结果。埃林顿看到两个首要原因不解释方法。一个是为更好的描述缺乏激励和培训。另一个是研究人员假定每个人都以同样的方式工作,无法识别什么是至关重要的细节。“标准”这个词是一个红旗,这种类型的思考,他说。“没有所谓的标准协议:只有在你的实验室标准。”

但情况正在改善,伊丽莎白Iorns说,他帮助推出RP: CB和首席执行官在科学交流在帕洛阿尔托,加州,它提供了research-outsourcing服务。“有很多的进步在文档和可供人们使用的工具。“走向自动化实验和数据收集也帮助,她说,人们比以往任何时候都更加意识到需要准确地描述试剂。

这些工具将针在再现性只有在广泛使用,埃林顿警告说。“即使我们有他们,没有系统性,或者奖励。”

沟通方法更准确,research-improvement倡导者说,需要改变心态和工作流程。这里有一些策略可以帮助。

文档作为你去

如果没有其他的事,考虑如何从一开始就分享你的实验方法。在过去的五年里,一些知名杂志的出版商,包括自然报告实验细节,加强了要求他们的论文。和许多出版商鼓励沉淀方法库,如自然组合协议交换,protocols.io或Bio-protocol。但直到手稿提交等待收集这些细节会让研究人员忙于查找信息,可以在他们的指尖,莱尼Teytelman说,首席执行官协议。加州伯克利的io。日志信息,实验完成后,他说,“让你的生活更容易,而不是困难”。

少写,显示更多

2014年,Kornelia波里亚克,乳腺癌在波士顿丹娜-法伯癌症研究所的研究员,马萨诸塞州,仅表现出复杂的共享方法可能是(w·c·海恩斯et al .细胞代表。6,779 - 781;2014年)。她的合作者在加州得到流式细胞术结果非常不同于她的,即使他们广泛共享样本和试剂,并讨论了它们的方法。访问彼此的实验室揭示了原因:一组分类肿瘤组织由剧烈的摇晃了6 - 8小时,而其他温和的摇摆用于18 - 24小时。当两队转向相同,较慢的方法,结果一致。现在,波里亚克的实验室进行非正式的视频的新实验室成员甚至某些实验开始之前可以看。

的《可视化实验,总部位于马萨诸塞州的剑桥市,让同行评审人员提交文本的描述方法。如果接受,《华尔街日报》摄制组一天发送,然后编辑实验到短视频,通常分钟8 - 15日。研究人员这样做他们的工作获得的信贷和说服他人采用他们的方法和扩展字段,Moshe Pritsker说,他在2006年创立《华尔街日报》。

时间表和图表也可以是有价值的,埃林顿说。复制的一项研究,他协调,原创作者,评论家和复制器咨询密集使用书面文件复制协议达成一致,却发现老鼠变得太生病完成实验(英国伊顿等人eLife7e34364;2018年)。原来时间点的模糊描述意味着复制器开始测量周后比原来的实验。一个流程图会消除这种混淆从一开始,埃林顿说。

有工具可以帮助,他说。例如,实验设计助理来自英国国家中心更换,细化和减少动物研究是一个基于web的平台帮助动物研究人员计划。它捕获工作开始前报告要求并将它们显示在一个清晰的图。然而,研究人员倾向于保留图和重点段落写的,他说。

埃林顿敦促研究者较少考虑长期协议和更多关于整合在线工具计划并进行实验,这样可以共享的信息。(奖金,他说,这可以显示什么不起作用,如商业试剂,未能执行,否则很难获得的信息)。任何用于共享数据也可以分享方法,他指出:电子实验室笔记本,或存储库,如Zenodo, GitHub或Figshare。这只是一个认识的问题需要这样做。

链接,模板,规范

特别是电子实验室笔记本(ELN),可能只是链接到实验室协议的入场券,试剂的细节,进行相关实验或其他重要细节实验,Ingo Przesdzing, ELN研究所项目主管在柏林的健康。eln可以更有效地捕捉关键细节比传统的文档写的,他说,和工具标记实验是否可以帮助分享和故障排除工作。但是好处只有在人正常训练——否则,他说,他们使用ELN喜欢纸质书,没有数字解决方案的优势。

电子实验室和研究笔记本电脑也可以帮助标准化方法和记录,同时提供实验的灵活性,阿拉斯泰尔说,古尔研究所信息技术主管在剑桥,英国实验室帮助组织实现民族解放军。有适当的模板已经准备好了使它容易得多交流要做什么,他说。“它变成了一个巨大的优势;每个人都会谈同样的语言。”

存款和文档试剂

无数的实验出错当一位同事给科学家错误的细胞系或试剂。现在,组织等写明ATCC在弗吉尼亚州马纳萨斯;Addgene在水城,马萨诸塞州;和杰克逊实验室在缅因州巴尔港,可以充当把关,提供细胞株、质粒和转基因小鼠,分别是质量检查和分发给其他研究人员。许多期刊(包括自然)要求研究者研究材料存入存储库的机构。这个备件实验室分配他们的负担并确保其他科学家将获得质量材料在合理的时间。

也可用工具记录商业试剂在标准化的方式。的资源标识项目例如,分配试剂惟一标识符,持续下去,即使一个公司的业务或修改目录数据;期刊(包括超过600自然)鼓励他们使用。标识符可以用来填充字段在实验室笔记本,例如,或出口到研的手稿来缓解帐面价值的研究,故障排除和再现性。

一个常常被忽视的策略来提高再现性是理解每一步,背后的基本原理波里亚克说。这样,研究人员可以排除的情况下,可能是唯一的实验室。现成的工具破坏这一能力的原因,她说。再现性时,一个好的协议“给了你足够的细节”,主任说卢西亚诺Martelotto单细胞核心设施在波士顿哈佛医学院。但他仍在继续,一个更好的协议,帮助研究人员了解每一步,为什么一个RNA抑制剂,例如,使用。

沟通

新兴methods-sharing工具最强大的一个方面是他们如何让对话,分享技巧和扩展,Martelotto说。他使用协议。io举办一个群体,叫道单细胞忍者,帮助其他研究人员获得单细胞研究工作。更新、修正和交互的方法是成为一个科学规范,他说。

也许是因为这些协议被视为正式比论文,其他研究人员更有可能提问,本杰明Schwessinger说,他研究plant-microbe交互在堪培拉的澳大利亚国立大学帮助发起一项活动,叫做每个人的再现性帮助研究人员分享方法和数据。Schwessinger说对他的协议比更多的人接近他对他的论文,即使只是感谢他发布和解释他们的修改为不同的生物体。他得到通知,当人们评论他的协议在协议。io,和社交媒体。:“这自然是人们交互Schwessinger说。“你只需要建立一个社区。”