扩展数据图5:各向异性呼吸运动的视紫红质。gydF4y2Ba
来自:gydF4y2Ba超快结构变化直接第一视觉的分子事件gydF4y2Ba
比较整体构象变化的视紫红质用光催化1、10和100秒。电子密度图的区别(作战基地(1 ps-light)作战基地(黑暗)4.2 rmsd轮廓线)的数据集1 ps-illuminated视紫红质叠加在视紫红质暗状态结构模型(灰色)(gydF4y2Baa - bgydF4y2Ba)显示了强信号(蓝色=积极密度;黄色= -密度)在视网膜分子(红色)展示早期的异构化。周围的视网膜,发生在氨基酸水平的变化在一个各向异性向细胞外(灰色箭头的方向gydF4y2Ba板一个gydF4y2Ba沿着TM5和TM6 ()gydF4y2Ba面板f和ggydF4y2Ba)。这种各向异性呼吸运动中可以检测到细胞外的一部分TM3 (gydF4y2BaegydF4y2Ba)、TM5 (gydF4y2BafgydF4y2Ba)和TM6 (gydF4y2BaggydF4y2Ba)。后10 ps (gydF4y2Ba面板hgydF4y2Ba)和100 ps (gydF4y2Ba板我gydF4y2Ba)的光活化,大部分的构象共同运动变化是重置(gydF4y2Bah,我和gydF4y2Ba扩展的数据表gydF4y2Ba3gydF4y2Ba),只有少数几个氨基酸只不会恢复——二硫化物桥C110-C187(粉色箭头)和参加进一步的变化沿光活化途径(扩展数据表gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。有趣的是,我们还观察到局部的内在波动在黑暗中的视紫红质分子动力学模拟状态(gzm PDBid: 1)从GPCRmd数据库进行了分析gydF4y2Ba98年gydF4y2Ba。这些波动定位在细胞外的跨膜包和兼容的能量耗散变化观察到1 ps(比较gydF4y2Ba板c和d(分子动力学模拟)板a和b(呼吸运动)gydF4y2Ba)。三个独立的分子动力学模拟(3 x 2500帧)视网膜的视紫红质(PDBid: 1 gzm)进行分析和骨干均方根波动(RMSF)是描述在每个残留值增加从白色到红色1.8 (RMSF规模是截断清晰)。gydF4y2Ba
